Институт проблем транспорта образован в 1990 г. на базе структурных подразделений Комиссии АН СССР по проблемам транспорта. В состав института входит отдел, находящийся в Москве. Организатором и первым директором института был академик Николай Степанович Соломенко.
Фундаментальные исследования межотраслевых транспортных проблем в областях прогнозирования и развития транспортных сетей России, безопасности транспортных систем, управления, компьютеризации и информатизации в транспортных системах и процессах, в областях транспортной энергетики, развития перспективных видов транспорта, экологических проблем функционирования транспорта.
Разработка стратегии развития транспортной отрасли страны (О. В. Белый). Разработка концептуальных направлений развития транспорта с учетом возможностей использования традиционных и альтернативных энергоносителей (Я. Б. Данилевич). Создание концепции интегрированных систем управления (О. В. Белый, А. Е. Сазонов). Разработка принципов формирования интеллектуальных информационных технологий управления транспортными системами (О. В. Белый). Разработка геоинформационных компьютерных систем и их использование для прогнозирования безопасности дорожного движения и развития системы логистических центров (И. М. Кокурин). Создание метода многомерного нелинейного анализа взаимодействия колесной пары и рельсового пути, разработка основ имитационного моделирования поведения подвижного состава при высокоскоростном движении (В. Г. Иноземцев, Т. А. Тибилов). Разработка математического и программного обеспечения сетевых моделей транспортных потоков метрополитена и наземного транспорта (В. В. Доенин).
Разработка принципов развития региональных транспортных систем, методов обеспечения взрыво- и пожаробезопасности на водном транспорте (Д. А. Скороходов). Разработка принципов построения моделей прогнозирования воздействия различных видов транспорта на окружающую среду и человека (Л. Д. Баринова). Создание физической модели высокоскоростного деформирования и разрушения конструкционных сталей (Ю. В. Петров).
Институт участвует в долгосрочной программе научного сотрудничества с американской транспортно-консультационной фирмой ALK Associates Inc. (Princeton, N. J.), Калифорнийским технологическим институтом (CALTECH), Техническим университетом г. Варна (Болгария). Установлено взаимодействие и налажен обмен информацией с министерством транспорта Финляндии.